Phần lớn thành công của Paul Allen đã được hiến cho các dịch vụ sức khỏe và dân sinh và cho sự tiến bộ của khoa học và công nghệ. Quỹ gia đình Paul G. Allen được thành lập vào năm 1986 để quản lý những khoản đóng góp. Thông qua quỹ, Allen đã tặng gần 30 triệu Đô la Mỹ hàng năm. Khoảng 75 phần trăm số tiền của Quỹ được tặng cho những tổ chức phi lợi nhuận ở Seattle và tiểu bang Washington. 25 phần trăm còn lại được phân phối cho Portland, Oregon và những thành phố khác ở Tây Bắc Thái Bình Dương. Allen cũng đóng góp thông qua những dự án từ thiện khác như "lòng từ thiện mạo hiểm". Dự án nổi tiếng nhất trong số đó là Dự án Âm nhạc Kinh nghiệm, Học viện Allen về Não học, và Tìm kiếm Trí thông minh ngoài Trái đất thông qua Ma trận Kính viễn vọng Allen. Tổng số tiền từ thiện của Paul Allen vào năm 2005 ươc tính trên 43 triệu Đô la Mỹ.

Trường Đại học Washington là nơi nhận được phần lớn tiền đóng góp của Paul Allen. Vào cuối thập niên 1980, Allen đã đóng góp 18 triệu đô la Mỹ để xây thư viện mới đặt tên cha của ông, Kenneth S. Allen. Năm 2003 5 triệu đô la Mỹ đã được tặng để thành lập Trung tâm Nghệ thuật Thị giác Faye G. Allen, đặt theo tên của mẹ ông. Allen cũng là người đóng góp tư nhân lớn nhất (14 triệu đô la Mỹ) và được đặt theo tên ông Trung tâm Khoa học và Kỹ thuật Máy tính Paul G. Allen (hoàn thành năm 2004). Trong suốt những năm qua, Allen đã đóng góp hàng triệu đô la Mỹ cho Khoa Y trường Đại học Washington, gần đây nhất là 3,2 triệu đô la dành cho nghiên cứu viêm tuyến tiền liệt.

Tên ông đã được đặt cho một giống ruồi hoa vì sự đóng góp của ông cho ngành Dipterology.

Năm 1993, Paul Allen đã tài trợ tiền cho một vụ kiện hai năm trong đó gia đình của nghệ sĩ ghi-ta rock Jimi Hendrix đòi lại bản quyền cho nhạc của ông ta sau khi nhà quản lý di sản được cho là đã bán khi chưa được phép. Allen cũng tài trợ cho việc mua những di sản của Hendrix (bao gồm cây guitar Hendrix đã chơi ở Woodstock và cho trưng bày nó ở triển lãm Dự án Kinh nghiệm Âm nhạc.